La investigación clínica independiente es aquella generada en el seno del propio Instituto por sus investigadores y sin el respaldo de la empresa farmacéutica. Para ello, el centro pone a disposición toda la infraestructura necesaria para que se lleven a cabo estos proyectos de investigación, siempre con el objetivo de aportar mejoras que repercutan en la calidad de vida de los pacientes.

Entre los nueve ensayos cínicos independientes promovidos desde el Instituto de Investigación Sanitaria destacan el tratamiento de dolor postoperatorio agudo mediante genotipado, la monitorización de los efectos metabolicos de determinados medicamentos para trastornos de salud mental, la respuesta a nuevos anticoagulantes orales en el tratamiento de la fibrilación auricular no valvular o la utilidad de la farmacogenética para mejorar la prescripción de estatinas en la atención primaria y especializada". Todos ellos liderados por el doctor Francisco Abad, jefe de Farmacología Clínica del Hospital de La Princesa.

Por otro lado, el ensayo clínico, "Seguridad de los tratamientos para la Enfermedad Inflamatoria Intestinal (EII) durante el embarazo y la lactancia: impacto en las madres y en los niños (registro DUMNO)", cuya investigadora principal es la Dra. María Chaparro, gastroenteróloga en el Servicio de Aparato Digestivo del hospital. "Identificación de biomarcadores de respuesta al tratamiento con fármacos biológicos en la enfermedad inflamatoria intestinal" y "Efecto de tofacitinib sobre la coagulación y función plaquetaria, y su papel en los eventos tromboembólicos", liderados por el Dr. Gisbert, jefe de la Unidad de Atención Integral al Paciente con Enfermedad Inflamatoria Intestinal del Hospital Universitario de La Princesa.

Por último, el ensayo dirigido por el doctor Manuel Ramírez, director del Área de Oncología del Hospital Infantil Universitario Niño Jesús: "Ensayo clínico abierto, Fase I para evaluar la seguridad y respuesta clínica de la infusión intra-arterial de dosis repetidas de células mesenquimales autólogas en niños y adolescentes con epilepsias refractarias de base inmune", y el "Estudio de viabilidad y seguridad abierto, aleatorizado y controlado para evaluar el efecto neuroprotector de la hemodiálisis de glutamato plasmático y citosinas proinflamatorias en la fase aguda del ictus isquémico", dirigido por el doctor José Vivancos, jefe de Servicio de Neurología del Hospital de La Princesa.