86 I +D De esta manera obtendremos el VCF final anotado, a partir del cual se podrán realizar las interpretaciones correspondientes por parte del genetista. La correcta interpretación de los resultados va a depender, en gran medida, de la información disponible para cada una de las variantes identificadas. Una vez revisadas, las variantes seleccionadas podrán ser validadas por otros métodos de laboratorio, y finalmente informadas al personal médico o investigador. Dependiendo del caso, es posible que haya miles de variantes detectadas, y la revisión de cada una de ellas desde el propio VCF es una tarea que se puede volver muy tediosa. Por este motivo existen programas que vuelcan la información del VCF en tablas navegables, filtrables y con múltiples opciones que facilitan en gran medida la labor de revisión (Figura 1). Principales tipos de análisis genómicos Genoma La secuenciación del genoma completo o WGS (Whole Genome Sequencing) consiste en la secuenciación de todo el genoma del paciente. Esta tecnología ofrece una cobertura uniforme, con una profundidad media de 30-60 lecturas por posición (30-60X). Esto permite tanto la detección de variantes puntuales (SNVs o INDELs), como de variantes estructurales, por ejemplo CNVs (Copy Number Variations). Es el método más indicado para detectar mutaciones en genes previamente no asociados a la enfermedad de estudio, especialmente cuando éstas están ubicadas en regiones no codificantes. En contraposición a toda la información que produce, es un método costoso, tanto a nivel económico como computacional, lo que hace que, hoy en día, no sea la aproximación prioritaria en muchos laboratorios, especialmente en el ámbito clínico donde se prioriza la coste-efectividad de las pruebas utilizadas. Exoma La secuenciación de exoma completo o WES (Whole Exome Sequencing) consiste en la secuenciación de las regiones codificantes, o exones, de los más de 20.000 genes que componen el genoma humano. El WES resulta especialmente interesante para aquellos casos que ya han pasado por pruebas genéticas previas más específicas que no fueron concluyentes para establecer un diagnóstico, para casos que presenten un fenotipo clínico heterogéneo que no corresponda con ninguna enfermedad conocida o que corresponda a varias enfermedades genéticas, o para aquellas enfermedades genéticas que carezcan de un test genético específico. LA NGS SE ESTÁ CONVIRTIENDO EN UNA HERRAMIENTA INDISPENSABLE, TANTO A NIVEL DE INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL COMO A NIVEL DIAGNÓSTICO Figura 1. Índice de variantes visualizado en la plataforma Genome One Reports
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